Começando logo após o final do primeiro jogo, Altaïr Ibn-La'Ahad aprende de um plano dos Templários restantes para escapar a Chipre, e por isso se infiltra um de seus redutos no Acre para impedi-los de fazê-lo. Apesar de não ter sucesso neste sentido, ele faz derrotar e capturar Maria Thorpe, que tentou vingar seu antigo mestre, Robert de Sablé, que morreu nas mãos de Altair.
Altair também preside a Chipre em busca da maçã, com Maria no reboque. Uma vez lá, ele fica sabendo da presença de Armand Bouchart, que conseguiu Robert de Sablé, como Grão-Mestre da Ordem dos Templários. Altair também aprende, e ganha a assistência, de um movimento de resistência na cidade oposição à presença dos Templários, que, depois de comprar a ilha do Rei Ricardo, formaram um governo repressivo para controlar a terra e seu povo.
Ele também aprende um tesouro de conhecimento e artefatos Templários, escondido em algum lugar na ilha. Fiel à forma de os assassinos, Altaïr faz tanto localizar o arquivo e livre Chipre do aperto de Bouchart, em primeiro lugar, matando seus subordinados: Frederick "The Red"; Moloch "Touro"; Shalim e Shahar "os gêmeos", eo Dark Oracle "A Feiticeira", eventualmente, enfrentar e derrotar Bouchart no arquivo , cujo conteúdo foi evacuado e realocados por soldados dos Templários. Após a morte de Bouchart, o arquivo começa a entrar em colapso, mas Altaïr consegue escapar.






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